Как только полимер О-антигена соединяется с ядром липида А, он останавливает реакцию полимеризации. То есть реакция соединения может прекратить реакцию полимеризации. Как ядро ​​липида А, так и липополисахарид с повторяющимися звеньями разной длины могут быть эффективно перенесены на наружную мембрану. Следовательно, молекулярный размер липополисахарида можно увидеть с помощью SDS-PAGE, что обусловлено скорее разницей в системе биосинтеза, чем фактором выходной системы.

Распределение боковой цепи О-антигена у разных бактерий различно, некоторые из них содержат около 20 повторяющихся единиц, а некоторые могут содержать около 100 повторяющихся единиц. В электрофорезе SDS-PAGE отражается разница в интенсивности окрашивания серебром разных молекул разных видов бактерий. Причина различного распределения длины боковой цепи О-антигена у разных бактерий может заключаться в том, что в процессе поликонденсации О-антигена или реакции соединения существует фактор отбора по размеру. Wzz (то есть Rol или Cld) является важным белком, который регулирует распределение длины боковой цепи у бактерий, которые синтезируют антигены через Wzy-зависимый путь, но его конкретный механизм до сих пор неясен.