Нейтральный раствор липополисахарида может храниться при комнатной температуре в течение нескольких месяцев, при этом его биологическая активность существенно не меняется. Если его хранить при температуре 4 ℃ или в низкотемпературном холодильнике, его биологическая активность может оставаться неизменной в течение нескольких лет и десятилетий. Сухой нейтральный липополисахаридный порошок можно хранить при комнатной температуре или в холодильнике в течение десятилетий или дольше без потери своей биологической активности.

Когда липополисахарид помещают в кислый раствор при комнатной температуре, его молекулы подвергаются частичной деградации. Это изменение в основном включает расщепление гликозидных связей между полисахаридом и липидом А и расщепление связей липид А1-глюкозид. Нагревание может способствовать этой реакции. Раствор сильной кислоты может полностью разрушить липополисахарид в условиях нагревания.

Щелочные факторы оказывают большое влияние на молекулы липополисахаридов, в основном на молекулы липида А. В это время связь 4-фосфатного эфира на скелете липида А и связь сложного эфира жирной кислоты в положениях 3 и 3 легко разрушить, что может привести к расщеплению молекулы. В это время деградированные молекулы теряют типичную эндотоксинную активность. Липополисахариды могут быть полностью разрушены в сильных щелочных условиях.